La storia parla di Tina, una ragazza sotto il controllo dell'Impero di Gastra. Lei e due altri soldati imperiali, Wedge e Biggs, vengono incaricati di setacciare la città delle miniere di carbone Narche per trovare la "Bestia Fantasma congelata", una creatura misteriosa dai poteri magici, necessaria all'Impero per i propri piani di conquista del mondo. Una volta trovata accade un fatto misterioso: la ragazza, come in trance, entra in contatto con la creatura per poi svenire e perdere la memoria, mentre i due soldati rimarranno uccisi per cause sconosciute. Dopo questi eventi entrerà in scena l'avventuriero Lock per salvare Tina, ritenuta oramai una ribelle agli occhi dell'Impero e braccata dalle guardie della città di Narche. Da lì in poi avrà inizio la corsa contro il tempo per fermare i piani dell'Impero e impedire che la terribile forza della magia si scateni in tutta la propria potenza distruttiva.

Questo è il primo Final Fantasy in cui si ha una trama più complessa e delicata che riguarda universalmente tutti i protagonisti con dei veri e propri drammi esistenziali.